磁力驱动泵站中每台机组的性能存在着差异，因此，在确定运行方案时，也应该选择开机顺序。在部分机组运行时，应选择其中效率高、运行费用最少的机组运行。
　　在实际运行中，有的按机组编号的顺序运行，即先开1#机组，当一台机组不能满足排灌流量要求需要增加流量时，再开2#、3*机组……。也有的是因为机组的制造或安装质量不同，先开启制造安装质量较好的机组。这些运行方式常常造成泵站机组的不对称运行，影响进出水池流态。一方面会使池内产生回流，引起泥沙淤积；另一方面对进水管路较短的水泵以及只有进水喇叭管而无吸水管路的轴流泵，这种不对称的流态所形成的漩涡，对水泵运行时的性能影响很大。因此，在选择开机顺序时，应尽可能地对称运行。
　　磁力驱动泵运行调度
　　1.磁力驱动泵站的运行调度根据优化运行方案进行单泵站的运行调度，其主要内容如下。
　　(1)泵站内机组的开机顺序、台数及其运行工况的调节（包括主水泵的调速、变径、变角调节等）。
　　(2)泵站与其他相关工程的联合调度。
　　(3)在满足用水要求的前提下，通过站内机组的运行调度和工况调节，改善进出水池流态，减少水力冲刷和水力损失。
　　2.磁力驱动泵站的运行调度
　　磁力驱动泵站运行调度的主要内容如下。
　　(1)泵站水源和各级泵站的提水能力及各级泵站相应的供水计划间的调度。
　　(3)各级泵站的开机顺序、台数及运行工况的调节、泵站级间流量的调配。
　　(3)各级泵站与其他相关工程设施的调度。流域（区域）内泵站群与其他相关水利设施的调度。流域内或不同流域间排水与灌溉、蓄水、调水相结合的水资源调度。